Das Goebenstift zeichnet sich durch ein hohes Maß studentischer Selbstverwaltung aus. Basis für die Selbstverwaltung sind die Konvente (Hausvollversammlungen), in denen zweimal pro Semester die gesamte Hausbewohnerschaft zusammen kommt. Hier werden grundsätzliche Entscheidungen über das Zusammenleben im Haus getroffen und Wahlen abgehalten.
Ein Großteil der Bewohnerschaft ist ehrenamtlich in Ämtern tätig. Diese Ämter werden in der Regel einmal pro Semester auf den Konventen neu gewählt. Sie umfassen bestimmte Bereiche wie zum Beispiel die Finanzen, hausmeisterliche Tätigkeiten oder Öffentlichkeitsarbeit. Dies ist nicht nur für die Selbstverwaltung wichtig, sondern bietet auch die Möglichkeit der persönlichen Weiterentwicklung.
Auch wenn das Leben im Haus stark durch die Ämter geprägt wird, so ist das Engagement der gesamten Hausgemeinschaft unverzichtbar. Das Haus muss in Schuss gehalten werden. Hausputz und Gartenarbeit werden daher einmal im Semester gemeinschaftlich erledigt. Die regelmäßig stattfindenden Andachten und Hausfeste werden ebenfalls von der Bewohnerschaft selbst organisiert und sind fester Bestandteil des Gemeinschaftslebens im Haus. Auch der Eigeninitiative sind keine Grenzen gesetzt - immer wieder finden sich Menschen im Haus zu unterschiedlichsten Arbeitskreisen zusammen. So wird das Goebenstift seit über 40 Jahren vor allem durch das Eigenengagement derer geprägt, die in ihm leben und studieren.